Herramientas bioinformáticas para medicina

Ferran Sanz, coordinador de este proyecto. Es catedrático del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud de la UPF y director de la Unidad de Investigación en Informática Biomédica (GRIB) de la UPF-IMIM / UPF

MedBioinformatics, un proyecto sobre investigación translacional y medicina personalizada en oncología y neuropsiquiatría

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En el marco del Horizonte 2020, la Unión Europea ha financiado con 3,5 millones de euros el proyecto MedBioinformatics. Este proyecto tiene por objetivo desarrollar herramientas bioinformáticas que permitan analizar adecuadamente el enorme volumen de datos y conocimiento que se genera en la investigación biomédica y de la asistencia sanitaria con el fin de facilitar la investigación traslacional y la medicina de precisión.

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UPF / Según Ferran Sanz, catedrático del Departamento de Ciencias Experimentales y de la Salud de la UPF y director de la Unidad de Investigación en Informática Biomédica (GRIB) de la UPF-IMIM y coordinador de este proyecto, “la mayoría de usuarios potenciales, es decir los investigadores traslacionales y los profesionales sanitarios, no disponen de herramientas adecuadas para explotar de manera eficiente esta gran cantidad de información. Hasta ahora, los esfuerzos realizados para desarrollar métodos y programas bioinformáticos no han producido el impacto esperado en los entornos sanitarios”.

Sanz añade que esto es debido “por un lado, a la falta de estrategias integradoras que combinen eficazmente los diversos tipos de datos que están disponibles en diferentes repositorios todo el mundo, y por otra parte, a la falta de participación de los usuarios finales en el proceso de creación de aplicaciones para que identifiquen la información que realmente necesitan y la presenten en el formato más adecuado. Hay que desarrollar aplicaciones que integren, analicen y muestren la información biomédica de una manera que sea inmediatamente comprensible y útil para los usuarios finales.

Las aplicaciones a desarrollar se centrarán en dos especialidades médicas, la oncología y la neuropsiquiatría

Las aplicaciones a desarrollar en el proyecto MedBioinformatics se centrarán en dos especialidades médicas, la oncología y la neuropsiquiatría, que tienen un gran impacto en la salud y el bienestar de la población. El hecho de identificar cuáles son las necesidades bioinformáticas de estas dos especialidades tanto dispares, facilitará la identificación y diseño de aplicaciones que podrán satisfacer las necesidades de profesionales biomédicos de otras áreas.

Entre las aplicaciones a desarrollar hay una nueva generación de herramientas para estudiar la relación entre genotipo y fenotipo, un navegador de biomarcadores de enfermedades, herramientas para analizar y prever las comorbilidades, y aplicaciones para apoyar el diagnóstico molecular y el tratamiento personalizado del cáncer. Para llevar a cabo sus objetivos, MedBioinformatics cuenta con un equipo multidisciplinar constituido por bioinformáticos e investigadores traslacionales y clínicos.

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Tres años de duración

El proyecto MedBioinformatics cubre 5 ejes de experiencia (bioinformática, investigación traslacional, práctica clínica, industria / PYMEs y gestión de proyectos) y dos especialidades médicas (oncología y neuropsiquiatría). El proyecto durará tres años y cuenta con la participación de 13 grupos de investigación de 9 instituciones de 5 países diferentes. Por parte de la Universidad Pompeu Fabra (UPF) participan el Grupo de Investigación en Genómica Biomédica, el Laboratorio de Genómica Evolutiva y el Grupo de Investigación en Neurobiología del Comportamiento.

A nivel de Cataluña participan también el Instituto de Oncología de Vall d’Hebron y la empresa Synapse. A nivel internacional, participan el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) de la Universidad de Copenhague (Dinamarca), el Institute for Molecular Medicine Finland de la Universidad de Helsinki, la Universidad de Oxford (Reino Unido) y BMD Software Lda. (Portugal).

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