El Dr. Rodrigo Dienstmann / VHIO

El big data logra un consenso internacional y pionero para la clasificación genómica de los tumores colorrectales

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Un trabajo colaborativo realizado gracias a un consorcio internacional ha establecido, por primera vez, una nueva y pionera clasificación para el cáncer colorrectal (CCR) basándose en datos genómicos. El estudio ha reunido 4.000 muestras de pacientes y ha definido un patrón de subtipos genómicos de consenso que, además de identificar las características biológicas intrínsecas de los tumores, también correlaciona estos datos con el comportamiento clínico y el pronóstico de los pacientes.

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VHIO / El trabajo, coordinado por el Grupo de Ciencia de Datos en Oncología (Oncology Data Science, ODysSey) del Vall d’Hebron Instituto de Oncología (VHIO) juntamente con SAGE Bionetworks (Seattle), se ha publicado hoy en la revista Nature Medicine y ha contado también con la participación del Dr. Josep Tabernero, director del VHIO, profesor de la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB) y coautor del trabajo, y del Dr. Ramon Salazar, del Institut Català d’Oncologia (ICO).

El gran número de muestras estudiadas eliminó la dispersión de resultados y concentró una señal muy clara alrededor de 4 subtipos muy consistentes

El gran número de muestras estudiadas eliminó la dispersión de resultados y concentró una señal muy clara alrededor de 4 subtipos muy consistentes. “Ahora podemos afirmar que por primera vez existe una clasificación de consenso realizada no por un grupo sino por un consorcio internacional de expertos en el estudio del CCR”, afirma Rodrigo Dienstmann, investigador principal del Grupo ODysSey y primer autor de la publicación.

La investigación ha sido impulsada por Obra Social “la Caixa” a través del programa ”la Caixa“ International Program for Cancer Research and Education, un apoyo esencial que ha propiciado estos resultados y que ha permitido al Dr. Dienstmann dedicarse a una carrera de investigación internacional en centros de Seattle (SAGE Bionetworks), Boston (Massachusetts General Hospital) y Barcelona (VHIO).

En el VHIO y en SAGE Bionetworks se ha diseñado el algoritmo que a partir del big data disponible ha permitido alcanzar las conclusiones del consenso. “Los resultados ya nos confirman que la biología de los tumores de los diferentes subtipos es tan radicalmente distinta que casi podría tratarse de tumores diferentes. Eso ayuda a entender por qué en el CCR los tumores se comportan de forma tan diversa ante un mismo tratamiento”, continua el Dr. Dienstmann.

Un consorcio internacional de investigación colaborativa

En los últimos años la clasificación de algunos tumores ha cambiado de forma radical gracias al estudio de la expresión genética de los tumores. Este es el caso del cáncer de mama, por ejemplo, con una traducción importante de estos hallazgos al tratamiento personalizado de las pacientes. A pesar de la multitud de esfuerzos dedicados a ello, la clasificación genómica del CCR no se había incorporado a la práctica clínica. De hecho, se llegaron a establecer algunas clasificaciones pero que diferían en el número de subtipos así como en la interpretación de los resultados.

Los resultados de estos ensayos determinarán qué terapias son las más beneficiosas para cada subtipo de CCR

La heterogeneidad de algoritmos y el pequeño número de muestras analizadas en los distintos estudios dificultaba su aceptación por la comunidad científica. Esta “crisis” de resultados llevó a los investigadores a formar un frente común y aunar esfuerzos en forma de un consorcio internacional. Aunar esfuerzos en esta ocasión consiste en sumar el número de muestras de los pacientes, en el conocimiento de la biología y la evolución del CCR, además de competencia para el análisis de big data.

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Datos sobre la nueva clasificación

Los grupos que se han propuesto por consenso son fundamentalmente 4: los Consensus Molecular Subtypes – CMS). El CMS1 (inestabilidad microsatélite inmune, 15% de los tumores) es un subtipo que se caracteriza por una potente activación inmunológica y el grupo de pacientes afectados por este grupo es el que más beneficio obtendría con la inmunoterapia.

El CMS2 (epitelial canónico, 40% de los tumores) es el grupo con mayor inestabilidad cromosómica, el que sigue la carcinogénesis clásica del CCR con activación de las rutas WNT, MYC y EGFR. El CMS3 (epitelial metabólico, 15% de los tumores) se caracteriza por tener desregulación de las vías metabólicas asociadas a mutaciones del gen KRAS. Por último, el CMS4 (mesenquimal, 30% de los tumores) presenta un pronóstico muy desfavorable con el tratamiento estándar de CCR a causa de una activación de las vías de TGFB, angiogénesis e invasión estromal.

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De la genómica a la clínica: un consorcio open access

Con los primeros datos de consenso de esta nueva clasificación, se intuyen algunas traducciones clínicas. Por ejemplo, conocer qué subtipo tiene peor pronóstico o cuál responde mejor a terapias moleculares podría ayudar enormemente a los oncólogos. “Ahora debemos estudiar cuál es la aplicabilidad clínica de esta clasificación y para ello se han diseñado ensayos clínicos que ya se están realizando en centros de referencia, como el VHIO y el Instituto Catalán de Oncología (ICO).

Los resultados de estos ensayos determinarán qué terapias son las más beneficiosas para cada subtipo de CCR”, explica el Dr. Dienstmann. “Para realizar estos análisis y facilitar su traslado a la práctica clínica, el consorcio ha desarrollado herramientas bioinformáticas open access que permiten a investigadores de todo el mundo clasificar los tumores de CCR que tengan datos genéticos de microarray” concluye el Dr. Dienstmann, que acaba de recibir la beca MERCK Grant for Oncology Innovation para seguir estudiando el impacto terapéutico de la nueva clasificación molecular del CCR.

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